Теперь осталось понять, как правильно вызывать таймер по IF...
С условием по выходу триггера проще делать без таймера:
Код:
VAR
	timeout: TIME;
	output: BOOL;
END_VAR

IF что-нибудь THEN
	timeout := TIME() + T#5s;
END_IF

output := TIME() >= timeout;