Проблему снял, но до сих пор не пойму в чём дело.
После нескольких попыток, что-нибудь загрузить в ПЛК63, он опять завис и на попытки войти в меню конфигурации или отладочный режим не откликался. Чтобы не терять время я взял другой ПК установил CoDeSys, программу прошивки ПЛК63, библиотеки и таргеты. Попробовал загрузить небольшую програмку около 1.5 кбайт - загрузилась. Через флэшку перетащил пользовательскую программу -загрузилась. Исправил найденные ошибки (не программные) и опять загрузил. Пока всё работает нормально.