В CoDESYS вот так.
1.
cs1.PNG

2.
cs2.PNG

3.
cs3.PNG

У вас есть линия RUN - RUN_PUMP, которая определила порядок обработки блоков именно таким образом. Перерисуйте её как линию задержки и, думаю, порядок станет таким, как вам нужно
А есть ли ручное указание очередности исполнения блоков?