Добрый день.

1. Скорее всего, исключение не связано напрямую с Modbus, а происходит из-за некорректной работы с памятью (массивы, указатели и т.п.), в результате которой "портится" содержимое памяти, используемого драйверов Modbus.

аналогичные 2 проекта но большие по объему кода на контроллерах старой ревизии работают стабильно.
Возможно, там память распределилась иначе, и вы просто не видите проявлений этой же самой ошибки.

Если исключение повторяется стабильно - то отправляйте ваш проект на support@owen.ru.
В письме укажите, о каком именно "некотором времени" идет речь (хотя бы приблизительно).

2. Укажите, каковы условия эксплуатации и монтажа контроллера, который перегревается.

нагревается как утюг и выключается.
Какова при этом температура CPU, отображаемая в CODESYS в узле PLC210?
Что именно значит "выключается"? Что при этом происходит со светодиодами контроллера?
Как вы в этой ситуации возобновляете работу контроллера?