Поумничаю под утро. Могу не угадать или написать невпопад:
1. Во всех модулях ВСЕГДА (где есть) надо настраивать безопасное состояние выходов при обрыве связи.
Для Мх110 это настраивается параметром "Таймаут безопасного состояния" (если =0 - то его нет) и для каждого выхода указать, что он должен делать в этом состоянии. У меня всё выключается, а таймаут я ставлю в 5 секунд. Иногда даже когда новую программу загружаешь - модуль успевает отключиться.
2. В настройках RS-485 (или Modbus) в дереве объектов есть галочка "Автоматический перезапуск соединения". Её проверить, чтобы она стояла. Она влияет на то, будет ли опрашиваться устройство, если связь с ним отвалилась (или возникла ошибка опроса) повторно - или же при ошибке опрос отвалится навсегда.
3. Ещё в настройках Приложения где-то валяются настройки про "Обновлять IO при остановке" и "Всегда обновлять переменные". Это влияет на то, как ПЛК опрашивает IO в разных условиях при отладке или выключении). Галочки порыть и установить на "Всегда".