А в чем причина, раздельного управления нагревом отдельного нагревателя?
Работал с печами термической обработки металлов в печах у которых имелись: подовые, сводовые, боковые и нагреватели дверцы, но температура в рабочем пространстве печи регулировалась одним ТРМ, и, соответственно, имелась одна термопара. С такой реализацией регулирования извините опыта нет.
С уважением