Так я реальную частоту насоса и смотрю.
Ну вот и проблема. В обычном использовании обычного частотника реальная частота всегда отличается от заданной. Зависит от многих параметров, например от установленного параметра "скольжение" в ПЧ. Есть желание иметь на выходе ПЧ именно то что задали без отклонений - ставьте сервопривод. Ну или как минимум энкодер на вал двигателя (ПЧ должен уметь работать с энкодерами).