программа в ПЛК не захватывает процессор в монопольный режим, там крутиться множество всякой фоновой мишуры. Не совсем понятна конечная цель ваших экспериментов - если необходимо оценить время выполнения своего кода - то просто запустите программу и смотрите время цикла в модуле статистике, это не даст точных значений, но понять хватает или не хватает производительности вполне возможно.

Кстати, для написания тела быстрого таймера рекомендую использовать IL, код значительно быстрее аналога на ST