Бегло просмотрел импортированный проект. Похоже, только с RS-триггерами такая засада. Остальное более-менее.
Но все равно в данном случае более сотни цепей нужно "ручками" править...
Может это связано с тем, что в некоторых блоках по умолчанию есть вход EN? Очень похоже на такое...