Добрый день.
Насчет mosquitto_pub/mosquitto_sub - предположим, они появились. Как вы планируете интегрировать их с проектом CODESYS? (чем детализированнее описание - тем лучше) http://www.mqtt-dashboard.com/
Планировал использовать эти клиенты точно так же, как Вы используете клиент MySQL в SP16. То есть с помощью библиотеки CmpSysExec запускать клиент на подписку на топик и парсить результаты, которые выплюнутся в вывод. Примерно так же публиковать данные на брокер.