У меня такое подозрение, что если принудительно остановить работу ФБ Steper

SteppersConfig_Pru1MemoryTransfer.STEPPER1_PRU1_st epper_enable := FALSE;

без предварительной проверки

IF SteppersConfig_Pru1MemoryTransfer.STEPPER1_PRU1_st epper_state = STOP_STEPPER_RUN_STATE

то после этого ФБ перестает нормально работать.