Весьма и весьма маловероятно, что ПР может прервать выполнение ОЛ-схемы из-за того, что "время цикла ограничено".
За один цикл каждый блок выполнится по одному разу и никаких "не полностью" возникать не должно.
И проблема с жёлтыми связями не в "бесконечности рекурсии", а в том, что при наличии таких связей никто кроме разработчиков ОЛ не может сказать как именно будет работать схема (да и они это могут только запустив схему под отладкой).
Замыкание "выхода на вход" следует делать через "линию задержки" -- тогда хотя бы станет понятно как работает схема (на каких входах используется сигнал с предыдущего цикла, а на каких с прошлого).