А вы уверены, что у всех счетчиков с импульсным выходом скважность равна двум ? Можете дать ссылку на РЭ счетчика где прописаны параметры импульсного выхода.
При переполнении счетчик обнуляется и макрос в СП3хх этот момент обрабатывает вполне корректно:
вычисляет разницу между текущий и предыдущим и прибавляет к накопительному
т.к. арифметика беззнаковая, то проблем никаких не возникает.