Я бы в подобной ситуации пошел по следующему пути:
Сделал бы архи-простую программу, типа А=Б, можно А привязать к входу, Б- к выходу. Сделал бы заводской сброс ПЛК. Залил бы эту программу и посмотрел, что происходит. Программу нужно стартануть в онлайне, создать загрузочный проект, перевести переключатель в положение Работа и выключить-пауза-включить питание. Если всё точно также, то скорее всего с ПЛК что-то не так, либо что-то не так делаешь.