Так в том и дело, что индуктивный датчик, который отслеживает промежуточное положение штока, видит момент его прохождения через точку, в которой он установлен, что подтверждает светодиодный индикатор на корпусе датчика, а ПР не успевает увидеть его состояние true.
Поставьте два запараллеленных датчика со смещением, или один, но бОльшего диаметра. Импульс в полтора раза удлинится. Этого хватит?