Евгений, удалось победить эту проблему. Оказалось что для канала с 20 регистрами период 100ms слишком мало при скорости 9600. Помогло установить для каждого канала период опроса 200-300мс.
Видимо я не правильно понимаю очередь обработки запросов к шине в CODESYS. Где это можно почитать?