Сталкивался с подобной проблемой, правда, не с КТР, но проявления подобные. После остановки котла падает температура в котловом контуре, и начинает снижаться температура контура отопления, регулятор отопления начинает открывать трёхходовой отопления, в результате растёт теплосьём с котла, в результате падение температуры котла ускоряется, при запуске горелки в процессе продувки температура ещё больше просаживается, в результате чего регулятор горелки, видя большую просадку, сразу начинает выводить её на большую мощность. Как только температура начинает расти, регулятор отопления начинает закрывать трёхходовой клапан, тут же падает теплосъём с котла, а горелка на максимуме, естественно, проскакивает уставку и горелка останавливается. Налицо конфликт двух связанных регуляторов, они впадают в резонанс. Решилось существенным, на порядок увеличением интегральной составляющей ПИД регулятора отопления. Т.к. контур отопления - система весьма инерционная, на качестве регулирования это практически не сказалось, однако позволило избавиться от колебательного режима. Горелка теперь останавливается редко, при совсем малом теплосъёме, не выходя на большую мощность.