Добрый день. Погрешность скорее всего появляется из за вибрации. Либо импульс получается слишком коротким, тогда пропускает. Либо засчитывает за несколько импульсов.
Вообще то СИ20 не предназначен для работы с энкодерами. У него и частота поменьше и он не распознаёт смену направления вращения.
Вам нужен СИ30 и энкодер с двумя выходами. Тогда происходит чёткое срабатывание при прохождении 2 импульсов от обоих каналов энкодера.
И частота у СИ30 больше.
С уважением.