Счетчики для энкодеров делают (все известные мне производители), работающими в трех режимах - квадратура Х1,Х2,Х4 о чем пользователь Newcomer, как я понимаю, и спрашивает. Квадратура Х4 предполагает счет по всем фронтам обоих каналов А и В. По ответу Филоненко не написано определенно все фронты по одному или обоим каналам, соответственно какая там квадратура Х2 или Х4. Конечно это д.б. определенно прописано в руководстве.
Вообще сомнительное решение применять быстрые счетчики на интерфейсном модуле, который не может обеспечить требуемую скорость передачи насчитанного значения, а затем еще контроллер в цикле (который значительно длиннее быстрых импульсов) должен обработать эти полученные данные и включить/выключить физический выход. Смысл быстрого счетчика теряется.