Да каким циклинером,, Вы же не Windows удаляете, у меня все версии Logiс на ПК, ни разу проблем не было, никогда ничего не чистил. Скорее всего что-то не до установилось, или антивирус поработал.
Факт, что все ложики имеют один настроечный файл. Все последние открытые проекты - одинаковые. Если у одного ложика снять галочку "Автопроверять обновления" у других она тоже снимится. И это плохо. конфиги должны быть индивидуальными.