напишите разумнее вопрос что ли. Входы читаются в начале цикла программы, выходы записываются в конце цикла программы. Если нет быстрых входов, то два импульса на входе внутри цикла программы будут утеряны (для понимания).
Там пофигу насколько маленькое время вы выставили таймеру.

Другой момент - таймер будет проверять свое время только на следующем цикле программы. Например цикл программы 30мс (ну это очень большая программа для ПР на самом деле), вы таймеру ставите 10 мс. таймер сработает в любом случае через 30 мс, потому что через 10 мс он еще не в курсах, что таймер отработал, так как идет цикл программы..