Если PRU в режиме Fast Encoder не задействован, то PRU можно использовать для других целей.
Если такой вопрос, то Владислав уже говорил, что при загрузке PRU0.prg (и подобном ручном программировании PRU) пропадает возможность работать с соответствующими входами-выходами из конфигуратора.
Это было в теме про "реальное время".