Если ПЛК не обрабатывает входные и не управляет выходными сигналами, может его вообще исключить? Но ведь они всё-же чем-то управляет?
Цикл ПЛК - время между 2 последовательными вызовами программы управления.

Дело явно не в прошивке было. Вообще, перепрошивка ничего не меняет, кроме форматирования ФС, но к работе с верхней платой никакого отношения это не имеет. ПЛК при перепрошивке разбирался?