Перепрошил. Проблема осталась.
Попутно нашел свой косяк - время MinCycleLength стояло по умолчанию 1, поменял на 0 (скриншот статистики, который я выкладывал с 500 мкс циклом, был не верный - видимо, я сглючил и не запустил программу. Запущенная программа дает там число 80-90).

Все равно проблема осталась та же самая: беру проект с обменом по UDP, загружаю его туды (кстати, после загрузки download.sdb связь прерывается, но контроллер не сбрасывается - и то хорошо).
Запускаю, остановить не могу, удалить не могу. Удаляю только перезагрузкой с нажатой кнопкой старт/стоп.
Удаляют из проекта поддержку UDP, переменные удпшные оставляю, как обычные глобальные, загружаю - все работает, все останавливается и удаляется.

Удалять программу каждый раз через кнопку старт/стоп для меня неприемлемо - я многое делаю удаленно, а ездить на объект, или просить там каждый раз обслуживающий персонал тыкать кнопки - не вариант.

В общем, чего-то я заступорился...