Единственный очевидный путь - синхронизироваться с другим человеком. Настройки для ntpd, очевидно, заданы в проекте и при каждой загрузке проекта из Codesys будут перезаписываться.
Как это поменять если невозможно пойти по пути сотрудничества? Теоретически можно проверять по cron и перезаписывать - но, как мне кажется, это путь контрпродуктивный.