Давайте так: а зачем вы вообще заморачиваетесь с 20мкс таймером?
Почему бы не поместить работу с fastencoder'ами в простой ПЛК цикл (PLC_PRG)?
Поздравляю вас, но в этом вам никак не помогает 20мкс таймер.
Попробуйте перенести работу в PLC_PRG -- наверняка всё то же самое будет.