Начнем с конца
Безусловно, входы контроллера опрашиваются оперативнее, чем модули.
В настройках элементов, которые добавляются к модулю мастер в конфигурации ПЛК есть параметр, отвечающий за период опроса. по умолчанию там стоит 100 мс. Пробуйте играть с ним. Ну и разнести панель и модули по разным интерфейсам тоже лишним не будет.