"...Если зажать 1ю и 2ю кнопки(такое возможно в процессе работы) - активируется третья" не наблюдается
Ну как это не наблюдается? Очень даже наблюдается. Сами же пишете:
Если включили одновременно In1 и In2 (с задержкой, например, не более 100мс) пока удерживаем оба входа - кнопка 3 вкл
Попасть в задержку 100 мс не сложно. А если сделать условие «совсем одновременно» (в один цикл ПЛК), то третья кнопка ненадёжной станет.