Нужно по кнопке стоп отключить все выходы и сбросить все таймеры чтобы при возврате кнопки стоп программа не продолжала свое выполнение. После нажатия кнопки Пуск программа всегда должна начинаться с первой операции. Повторное нажатие кнопки пуск игнорировать до тех пор пока все операции не завершатся или не произойдет сброс.