Значения счетчика в случае сложной системы задач, в т.ч. и по событиям следует считывать в отдельной задаче, которая имеет наивысший приоритет и вызывается с периодом, заданным в настройках цикла ПЛК. В неё не надо добавлять никаких доп. обработок, кроме работы со счетчиками/тригерами/энкодерами ПЛК