Принцип работы контроллера классический, как Вы и описывали:
Опрашиваем область памяти входов (%I), выполняем программу, записываем данные в область памяти выходов (%Q).
А уже из области выходов контроллер, в свободное от основной задачи время, отсылает данные по сети. То есть при цикле 1мс данные в память записываются раз в 1 мс. При этом передача данных на устройства В\В идет последовательно, по своему алгоритму.

В принципе, как верно было сказано - Вы можете взять с диска библиотеку ModBus и сами определять какие данные в какой момент времени посылать, работая на прямую с портом.