Честно? Не знаю. Склоняюсь к неточности в программе... если бы аккумулятор сдох, или память - сбрасывались бы все переменные, а не 1-2.
Надо проверять все постепенно.
Завести пустой проект, в нем Retain и погонять на вопрос сохранения переменных. Если все ок - смотрим программу (без сетевого обмена с панелью и модулями, просто задав переменным, отвечающим за обмен какие то значения).
На Ваш вопрос ответить не могу, так как не знаю особенностей Вашей программы.