1.Набор переменных для Retain - один. Как раз для промежуточных переменных.
К тому же есть пара обсуждений как уменьшить трафик за счет создания массивов в ПЛК, и записи значений в переменные обмена с панелью в зависимости от номера экрана панели.
А закончилось у Вас 4КБ или 16 Retain памяти?
2. Не появление таблички потеря связи ведет к невозможности опроса. А отсутствие ответа на запросы хотя бы по одному из расположенных на действующем экране элементов... То есть, скорее всего, в настройке обмена. (ИП320 или СП270 в данном случае без разницы). Так что рекомендую, если это конечно возможно вернуться в режим Панель - мастер. Это и трафик экономит (опрашиваются\записываются только параметры, используемые на действующем окне.

Про работу на аккумуляторе.
1.Ну во первых контроллер 25 минут на аккумуляторе вряд ли проработает.
2. Ваше предположение на 90% может быть вероятным. И его легко проверить. Так как после пропадания питания программа продолжает выполнятся (пока аккумулятор не сядет) нужно понять: может ли программа присвоить вышеобсуждаемой переменной значение 0. Если не может - не оно...