Посоветую поступить так:
1. сделать документ эксель и переписать туда все действующие регистры с ПЛК (позволит не ошибаясь и наглядно знать что используется в проекте, где есть разрывы). Заставить (временно) все эти регистры "шевелиться - менять значения", привязать прибавлялки.
2. сделать в СП3*** темповый пустой проект, с одним главным окном (прям шевелящимся горохом). Вывести туда все эти регистры числами. Станет нагляднее и виднее что шевелится, что перестает. Потом будете усложнять окна, как разберетесь в причинах

Скорее всего это должно помочь разнести проблему на части, но если нет:
Далее пробовать используя Modbus Pool/ Modbus Slave заменяя то ПЛК, то панель - искать виновное звено.
Там у Wago есть свои правила по обращению с памятью. Попробуйте поискать разрывы и если они есть, то заполните/объявите