Правильно ли я понимаю, что когда выход OVERFLOW становится TRUE, это свидетельствует о переполнении интегрального звена и регулятор нужно сбросить, подав на вход RESET TRUE?
Да.

Как оценивается переполнение?
Во времена CoDeSys V2.3 оценивалось так, как показано ниже. Вряд ли в V3.5 что-то сильно изменилось.

Код:
IF 1E38 - IN*TM < OUT OR -1E38 - IN*TM > OUT THEN // TM - time since last call in msec 
   OVERFLOW:=TRUE;
   ...
END_IF

IF Y>1E30 OR Y<-1E30 THEN  // Overflow steht bevor, darf aber eigentlich nicht passieren
   OVERFLOW:=TRUE;
END_IF