Во-первых, верхняя ветвь на втором рисунке у вас при включении (как я понял, при повторном нажатии все должно выключиться), так вот именно при включении и оставлении кнопки нажатой у вас вторая ветвь уже не будет играть никакой роли (если бы даже правильно была сделана)...

Чтобы сбросить таймер, например, на его входе достаточно поставить элемент И, где будет ваш входной сигнал, и сигнал с выхода таймера, пропущенный через р-триггер. Возможно надо инверсировать. Для TON и TOF будет по разному. Возможно ф-триггер для одного, р-триггер для другого. И элемент ИЛИ на выходе 2ой ветви не пойму зачем?