При прошивке на столе такую проблему у нас воспроизвести не удается. Требуется подробное описание последовательности действий, при котором наблюдается такая ошибка.
Проверил по этому сценарию - откатил прошивку до 1.4.1 и без основного питания (только через USB) загружал проект с обновлением на 1.6.0. Проект успешно загрузился и сохранялся при перезагрузке по питанию.