И все таки продолжу свои изыскания...
Безымянный.png
Если делать копипаст группы объектов, где есть линии связи, но начало и конец связанных блоков наложены (выступают одной координатой), то при вставке линии связи отсутствуют, если же линия связи сама видна, то все нормально.
Видимо среда проверяет координаты объектов и не проверяет сами линии.