Добрый день.

можно ли создавать/записывать/дописывать/стирать/удалять и вставлять куски посерёдке/ пользовательских файлов, которые я хочу чтобы образовались вследствие работы пользовательской программы в контроллере.
Да.

Нужен ли какой-то пароль, потому что при присоединении через WinSCP - нужен.
Для выполнения описанных выше операций в коде приложения - нет.

Ещё в Codesys я файлов не вижу (от ОС, которые уже есть), а через SysFileOpen - да, это нормально?
Да.

Какой библиотекой нужно пользоваться - хотелось бы, чтобы можно было применять где-то помимо Овена?
CAA File

Есть ли какое-то описание этого процесса?
https://ftp.owen.ru/CoDeSys3/11_Docu...hives_v3.0.pdf