На самом деле, я очень рад, что ошибался и оказывается многое действительно нужного уже реализовано! Спасибо, за науку.

Теперь по оставшимся:
У каких элементов нет свойств панели, но есть в окне?
Не видно:
количество знаков до и после запятой у значения. Не видя свойство, не получится массово его поменять.
текущая связь значения. Связь нужно видеть особенно часто.

Для изменения размера есть кнопки Подогнать размер.
Кнопки, да помогают. Но например я хочу увеличить поля стоящие в столбик, я просто выделяю их в поле высоты увеличиваю на 2, не понравилось, ставлю другое число. С кнопками нужно мне будет снимать выделение, менять размер ведомого, потом выделять и снова подгонять кнопкой.
UPD Попробовал. Массово можно менять размер стрелками клавиатуры с нажатым Shift. Но всё равно, считаю что есть очевидный способ задавать размер элементам - вбивать его прямо в поле размера и этот способ должен быть реализован.

Чтобы не было мусора - нужно просто настроить шкалу, задать в ней формат и количество знаков после запятой.
Это во-первых совсем не просто, потому что нужно сделать для тысячи, например, переменных. Во-вторых я не хочу задавать формат, я хочу чтобы всё работало из коробки в авто. А авто-количество знаков после запятой не работает.

Сервис - Проект - Обновить изображения объектов.
Вот за это спасибо! Правда два раза нужно запускать, с сохранением между итерациями, чтобы вложенные в изображения изображения обновились. Но всё равно намного легче стало.
Сервис - Проект - Экспортировать и импортировать связи.
Но как показала практика это не удобный функционал, через внешние связи - удобнее.
Кому не удобно, пусть не пользуются. А вот для меня это подарок небес. Опять же спасибо!