хотя если открыть проект и посмотреть, например историю сообщений то они буду отображаться, возникает вопрос это нормальная работа?
В процессе работы сообщения в т.ч. хранятся и в оперативной памяти. Вытаскивание флешки не приведет к их мгновенному исчезновению.

Просто такое ощущение, что настройка записи на карту сообщений не происходит, как и до новой прошивки пишутся в память панели.
Давайте по AeroAdmin посмотрим? Пришлите, пожалуйста, в личку ваш контактный телефон.