Inputs - это holding-регистры, читаются функцией 03, доступны для записи (вы работает в версии SP14 Patch 3 - в ней эти регистры могут быть изменены только со стороны мастера, но не из программы самого ПЛК).
Outputs - это input-регистры, читаются функцией 04.
У вас, видимо, сейчас значения переменных в обоих областях совпадают - я могу только так объяснить наблюдаемый вами эффект.
Могу порекомендовать посмотреть наш недавний вебинар по Modbus в CODESYS V3.5 - там разобраны практически все нюансы, которые могут встретиться:
https://youtu.be/Q3hqQlqcESo