если по внешнему импульсу захотите снять данные с модуля то Вы должны учитывать задержку на приём/передачу данных.
мой комп из консольной утилиты опрашивает модуль за 2.5 -3.5 мс. при частоте в 100 кГц погрешность будет от 250 до 350 импульсов.
на ПЛК время опроса будет зависеть от времени цикла программы и способа опроса модуля ( библиотеки / конфигурация ) и оно будет побольше чем на ПК.
ПЛК MS4 с заданной цикличностью вытаскивает из PRU данные в настройках группы входов. попробуйте сделать отдельную задачу с маленькой программой для обработки только данных энкодера и цикличность порядка 5 мс. также посмотрите что у вас в группах входов выходов стоит по цикличностям опроса