Всё разобрался! Проблема была в том, что действительно надо продумывать куда вставлять таймер, что бы он постоянно вызывался если он должен отсчитывать время (для меня это было не привычно), так же я не учитывал задержки при управлении частотниками по Модбасу. Были места в программе когда ПЧ ещё не запустился, а я считал что он уже "давно работает". За то время пока разбирался написал более простой код смены насосов. В этом коде как раз и заметил задержки при управлении ПЧ по модбасу. С моей стороны тему можно закрыть. Всем СПАСИБО за помощь!