ява приложения работают всегда медленнее, чем аналогичные на С. сейчас вроде как .NET приложения стали побыстрее работать, возможно и Ява стала быстрее, но для понимания, советую поставить демку HMI от Tibbo и сравнить ну с МастерСкадой например.