Используйте RS-триггер (если насосов только два) для запоминания того, какой насос был остановлен по сухому ходу. А уж потом состояние этого триггера пусть блокирует (обходит) упомянутую задержку пуска для нужного насоса, а второй запустится с задержкой, если не пустился первый.