Придется так попытаться объяснить. Симуляция имеет время цикла совершенно другое чем в реальной ПР, соответственно и имитировать сигналы на входах нужно адекватно установленным временам в симуляторе, тогда и причина найдется, возможно это добавленный антидребезг, возможно таймер управляется через RS-триггер который не успевает сбрасываться по прохождению метки и т.д.