Насчёт болтика я образно. Обычно делается выступ, типа шпонки, чтобы индуктивный датчик не реагировал на вал, а только на этот выступ. Поставить можно или в месте, где вал двигателя соединяется с винтом, или там где устанавливаете энкодер. Обычно используется для определения скорости вращения, если сильно большая точность не нужна. Да и как писал в Вашем случае её бы хватило вполне.
А насчёт Вашего энкодера - если уже куплен такой, то пробуйте. Если нет, я бы взял с меньшим разрешением.
У нас в основной массе на станках для определения цикла стоят на 360. Вполне хватает и проблем с проглатыванием импульсов нет.
С уважением.