Так скажите, зачем Вам 2-й, параллельный механизм загрузки ПО в ПР?
Как я думаю - сделать как аналог самораспаковывающегося архива. Подключил, настроил порт, нажал кнопку загрузки. Без возможности доступа к изменению кода. Можно и обезьяну обучить, и даже гуманитарию доверить.