Я так понимаю не понятен вопрос?

Могу пояснить его с другой стороны.
Сейчас я представляю себе структуру программы на CoDeSys следующим образом.
Создаются различные ФБ и функции - они содержат логику программы.
Создаются экземпляры ФБ (где? - мы как раз и пытаемся решить) - они содержат данные системы (настройки, текущие состояния и пр.).
ФБ и функции вызываются в программах. В простейшем случае - это одна программа PLC_PRG.
Здесь важно, что кроме вызова функций и ФБ, программа, в идеальном случае, вообще не должна содержать логики.

А где в этом случае лучше размещать экземпляры ФБ мне пока не ясно.